Došlo ke sjednocení odbojových skupin a nově vzniklá Slovenská národní rada začala od jara 1944 připravovat povstání. Jeho cílem bylo ukázat, že se slovenský národ distancuje od dosavadní proněmecké politiky. Povstalci sázeli na spolupráci se slovenskou armádou a partyzánským hnutím. Povstání mělo vypuknout až ve chvíli, kdy se Rudá armáda přiblíží k hranicím Slovenska. Slovenská vláda přestávala situaci zvládat, k uklidnění nepřispělo ani zavedení stanného práva. Vláda tak souhlasila s vysláním německých jednotek, které začaly 29. srpna 1944 obsazovat slovenské území.
Příchod německé armády urychlil zahájení povstání, přestože nebylo ještě dobře připraveno a nebyla dojednána součinnost s Rudou armádou. To vedlo k rychlému odzbrojení dvou východoslovenských divizí, které měly zajistit karpatské přechody pro Sověty. Také většina západoslovenských jednotek se k povstání nepřipojila. Hned v prvních dnech se výrazně zmenšilo povstalecké území, jehož centrembyla Banská Bystrica.
Rudá armáda zahájila 8. září karpatsko-dukelskou operaci, která měla odbojným Slovákům pomoci. Svého cíle však nedosáhla i kvůli tvrdému odporu Němců, kteří využívali výhodu horského terénu. Německé jednotky díky technické i početní převaze na začátku října dobyly Banskou Bystrici a donutily povstalce k přesunu do hor a přechodu k partyzánské formě války. Němci za pomoci Hlinkových gard a četnictva rozpoutali na Slovensku teror s cílem potrestat povstalce a ty, kteří jim pomáhali. Perzekuce se nevyhnuly ani civilnímu obyvatelstvu, celkem přišlo o život přes 5 000 lidí, vypáleno bylo na 90 vesnic a osad. Přesto zůstalo partyzánské hnutí aktivní.
Slovenské národní povstání zařadilo Slovensko po bok protihitlerovské koalice a stalo se motivací pro další hnutí odporu v Evropě včetně českých zemí.